Le ambientazioni sono piuttosto varie: visiterete l'interno di una nave classe Akira, il mondo dei Klingon, il quartiere generale della Federazione, il pianeta Vulcano ed altro ancora. L'idea di una squadra per il "pronto intervento" non é comunque nuova nella serie televisiva di Star Trek: basti ricordare la "Sezione 31" in Deep Space Nine, che si occupava appunto di azioni sotto copertura. La vostra base di partenza sarà l'Accademia della Federazione, da dove escono tutte le nuove leve pronte ad avventurarsi nello spazio, e da lì potrete selezionare i membri della vostra squadra, che potrà variare da tre a sei elementi, ognuno con delle caratteristiche proprie. La squadra speciale sarà composta da diciassette elementi tra cui dovrete scegliere di volta in volta quelli più qualificati, poiché ciascuno di essi possiede qualità, che saranno suddivise secondo cinque categorie di Ufficiali delle Flotta Stellare: comandanti, ingegneri, medici, membri della sicurezza e scienziati Il menù per la selezione della squadra I comandanti sono coloro che hanno l'attitudine al comando e che quindi si occuperanno di tenere gli altri a bada, gli ingegneri sono esperti nel sabotaggio, nel rendere inoffensivi gli allarmi e nell'infiltrarsi nei computer, i medici ovviamente cureranno i feriti e avranno a disposizioni armi come i distruttori neurali, gli scienziati potranno usare dei dispositivi personali di occultamento e, infine, i membri della sicurezza sono quelli che a colpi di phaser e granate si faranno strada tra i nemici. Ogni singolo personaggio ha delle caratteristiche particolari: per esempio un membro della sicurezza potrà essere esperto tiratore, mentre un altro sarà migliore nel maneggiare esplosivi, costringendovi così a tener conto anche di queste sottili distinzioni durante la selezione dei membri del vostro team. Saranno a disposizione le armi e le attrezzature "classiche" del mondo di Star Trek, e cioé i phaser, il tricoder e il fucile phaser, con qualche modifica per renderli più "attuali", ma sono state aggiunte anche nuove armi e nuovi oggetti per aumentare la possibilità di scelta a benficio di uan miglior giocabilità: vi saranno mine, distruttori neurali, granate, un distruttore fisico ed altre ancora
