Star Trek: Starfleet Command III
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Innanzitutto ci sono le armi, suddivisibili in leggere (che provocano danni lievi e a corto raggio) e pesanti (molto più dannose per il nemico): a seconda dell'impero in cui militate le armi a bordo della nave saranno diverse (ad esempio phaser per la federazione, disgregatori per i Klingon e cosi via...). Ogni arma ha, poi, le sue caratteristiche (molto importanti) di tempo di ricarica e frequenza di fuoco. L'altro elemento base delle navi sono gli scudi: questi vengono utilizzati affinché le armi nemiche non danneggino lo scafo; anche in questo caso esistono scudi con caratteristiche differenti che riusciranno a neutralizzare più o meno efficacemente gli attacchi avversari. Abbiamo, poi, i raggi traenti (utili per bloccare le navi nemiche in modo tale da bombardarle più facilmente o preparare un abbordaggio), gli shuttle (mini navette da supporto che si muovono autonomamente), il reparto d'assalto (fondamentale per catturare le navi avversarie e metterle sotto il vostro comando) e varie altre funzioni di offesa e di difesa.
Per far funzionare tutti questi sistemi servono, però, delle competenze: ecco che entrano in gioco gli ufficiali. Questi sono la parte più importante del vostro equipaggio poiché sono adibiti al funzionamento dei sottosistemi: per essere più precisi, ciascuno di essi ha una serie di attributi che influenzeranno il rendimento del sottosistema. Ad esempio un ufficiale addetto alle armi esperto avrà più possibilità di colpire punti precisi delle navi nemiche rispetto ad un semplice cadetto che, almeno agli inizi, sparerà un po' alle cieca. Se riusciranno a sopravvivere alle battaglie, l'abilità dei vostri ufficiali aumenterà sempre di più, rendendoli in grado di effettuare operazioni che prima non erano capaci di compiere.
Andando avanti con le missioni, incontrerete nemici sempre più agguerriti e potenti; niente paura, perché anche voi potrete migliorare le caratteristiche della vostra nave o, addirittura, cambiarla completamente per passare a una di classe superiore (ad esempio capace di sopportare un maggior peso degli armamenti o dei motori).
Tutto questo è possibile grazie ai, già citati, punti prestigio che vi verranno assegnati in seguito al compimento positivo di una missione; notare che se, invece, rifiuterete un combattimento, oppure abbandonerete un incarico (ovviamente di quelli non obbligatori) perderete punti prestigio. Purtroppo tutti i miglioramenti hanno un costo: si va dai pochi punti necessari per migliorare le armi leggere, fino alle decine di migliaia necessari per acquistare vascelli come la corazzata classe Sovereign della Federazione o la corazzata classe Negh'Var dei Klingon. I punti serviranno, inoltre, per riparare la nave e per assoldare nuovi ufficiali, magari più pratici di quelli a vostra disposizione.
Una volta risolta positivamente la missione ritornerete allo scacchiere esagonale per continuare l'avventura, fino al compimento di tutte le missioni critiche, evento che concluderà la campagna dell'impero con cui state giocando.
Esiste una variante della campagna single player, chiamata modalità "Conquest": in questo tipo di partita non esisteranno missioni obbligatorie, ma solamente facoltative. L'obbiettivo sarà difendere i propri settori e conquistare quelli nemici per assumere il controllo della galassia, senza limiti di tempo o di movimento (come invece c'erano nella normale campagna). Notare che nel Conquest sarà possibile incontrare anche nuovi nemici come i Cardassiani e la temibile collettività Borg (che potrà anche essere da voi comandata).